一、研究目标与技术策略

• 科学问题：​ 解析人类颈动脉粥样硬化斑块中适应性免疫应答的空间组织模式。

• 技术选型：​ 为同时获得细胞类型鉴定和空间定位信息，研究采用组合策略：

  1. DNBelab C系列单细胞RNA-Seq：​ 用于无偏地鉴定斑块内所有细胞类型，并深入分析B细胞受体的克隆性。

  2. Stereo-seq空间转录组技术：​ 用于精确定义细胞在组织原位的空间分布关系，发现潜在的结构性组织。

二、核心技术流程拆解

1. 样本与数据生成：

   • 获取人颈动脉粥样硬化斑块组织样本。

   • 分别制备单细胞悬液（用于scRNA-seq）和组织冷冻切片（用于Stereo-seq）。

2. 数据分析与整合：

   • 单细胞数据分析：​ 对scRNA-seq数据进行质控、标准化、细胞分群和注释，鉴定免疫细胞亚群（特别是B细胞亚型）。

   • 空间数据整合：​ 将鉴定出的细胞类型标签“映射”回Stereo-seq的空间坐标上，从而在空间背景下验证PTLOs的存在，并分析其细胞组成。

   • 多模态关联：​ 结合临床信息，分析PTLOs特征与患者症状的统计学关联。

三、给开发者的启示

本项目是多模态数据整合的典型范例，其成功依赖于：

• scRNA-seq​ 提供高分辨率的细胞类型参考图谱。

• Stereo-seq​ 提供真实的空间位置上下文。

• 生物信息学算法​ 实现两者精准的整合与解析。

处理此类数据对计算资源和分析流程的标准化要求很高。DCS Cloud​ 提供了多种解决方案，其内置的分析流程，能够帮助开发者快速验证分析思路，提升科研效率。